De leefomgeving van de ijsvogel is een beetje afhankelijk van het seizoen. Het belangrijkste gedeelte van het jaar, het broedseizoen, verblijft hij het liefst in de buurt van langzaam stromend water, vaak in de vorm van een beek of een kleine rivier, met een steile oever om een nest te graven. Tevens is rust en beschutting in de vorm van struiken en bomen belangrijk en niet te vergeten een ruime hoeveelheid kleine vis in het water.

Je treft hem ook aan bij wat grotere vijvers met voldoende beschutting en steile oevers. Ook wordt er voor het graven van een nest wel gebruik gemaakt van de kluit van een omgewaaide boom. Hierin wordt dan meestal een kortere nestpijp gegraven.
Een goed voorbeeld van een mooie leefomgeving voor de ijsvogel is de Biesbosch, en dan met name in de kleinere rustige kreken, waar de (recreatie)scheepvaart geen toegang heeft. In het broedseizoen van 1999 heeft men hier 9 broedpaartjes waargenomen, waarvan er vier gebruik maakten van de kluit van een omgewaaide boom. Tegenwoordig is dit aantal flink toegenomen met name door de zachte winters van de afgelopen jaren.

Buiten het broedseizoen zwerft de ijsvogel rond, de ene blijft in de buurt van het nest, andere weer ondernemen hele trektochten, waarbij afstanden van meer dan 1200 km voor kunnen komen, een echte trekvogel is de ijsvogel echter niet. Er zijn bijv. in de Biesbosch geringde ijsvogels teruggemeld vanuit het Amsterdamse Bos, Den Haag, Zuid-Frankrijk en zelfs Tsjechië, een afstand van meer dan 1400 km. Veelal is er een trekgedrag in de richting van de kust vast te stellen, want ook aan zee kun je de ijsvogel tegenkomen.
Vanaf de late zomer tot aan het nieuwe broedseizoen, kun je ze zelfs midden in de stad tegenkomen, waarbij de enige voorwaarde de beschikbaarheid van vis schijnt te zijn. Zo komen er geregeld meldingen binnen uit Amsterdam, bijvoorbeeld vanaf de grachten en het Vondelpark.

Op de foto hierboven zien we een voorbeeld van wat vroeger een mooie kronkelende beek is geweest, waar de ijsvogel zich waarschijnlijk goed thuis voelde. Nu is de beek echter veranderd in een grotendeels rechte sloot met schuin oplopende grasoevers. Langs kilometers water is er praktisch geen mogelijkheid om te vissen voor de ijsvogels, laat staan een steile wand om een nestgang in te graven.
Gelukkig is er in het najaar van 1995 een start gemaakt met het Project IJsvogel, waarin een aantal organisaties waaronder Natuurmonumenten, Vogelbescherming Nederland en de Unie van Waterschappen gezamenlijk werken aan het herstel van beken en beekdalen.
Op verschillende plaatsen heeft dit al geleid tot het opnieuw laten meanderen van rechtgetrokken beken en het vervangen van sluisjes door vistrappen. Een goed voorbeeld hiervan is de Beerze in Noord-Brabant, waar Natuurmonumenten op het heidegebied Kampina van enkele kilometers gekanaliseerde beek weer een prachtig meanderende Beerze heeft gemaakt. Een stuw van 230 cm. hoog is hier vervangen door een vistrap met 18 treden. Dit geeft allerlei vissoorten weer de kans verder stroomopwaarts de beek op te zwemmen, waarvan ook de ijsvogel profiteert. De oevers zijn op verschillende plaatsen voorzien van steile wanden, die het als leefomgeving voor de ijsvogel compleet maken.

Een nieuwe meander in de rivier De Swalm in Swalmen, dat al die inspanningen niet voor niets zijn, blijkt wel uit het feit dat ook in deze nieuwe meander het eerstvolgende voorjaar meteen gebroed werd.